GATK

GCContentByInterval

指定された区間(exon.intervals)に含まれている GC 含量を計算する。

head exon.intervals
## 22:16448825-16449023
## 22:16449025-16449223
## 22:16449225-16449423
## 22:16449425-16449804

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
    -T GCContentByInterval \
    -R reference.fa -o ref_gc.txt -L exon.intervals

head ref_gc.txt
## 22:16448825-16449023	0.4472361809045226
## 22:16449025-16449223	0.4321608040201005
## 22:16449225-16449423	0.4623115577889447
## 22:16449425-16449804	0.4105263157894737