パスの通し方

Linux にプログラムをインストールするとき、場合によってパスを通した方がよい。パスを通すとき、PATH とよばれる環境変数に追加する形で行う。PATH の設定は .bashrc ファイルで行う。.bashrc は「/home/username/.bashrc」にある。存在しない場合は新規作成する。(username はログイン名)

まず、プログラムへのパスを調べ、次にそのパスを PATH に追加するという順で行う。例えば、プログラムが「/home/username/app/blast/bin」にインストールされている場合は、 .bashrc ファイルを開き、ファイルの最後に次の 1 行を追加して保存する。

PATH=${PATH}:/home/username/app/blast/bin

さらにパスを追加したい場合は、以下のようにファイルの最後に次々とパスを足す。

PATH=${PATH}:/home/username/app/R-3.0.2/bin
PATH=${PATH}:/home/username/app/bowtie/bin

ほとんどの場合、プログラムは bin ディレクトリに入っている。一部のプログラムでは src ディレクトリに入っている。これらのディレクトリにパスを通せばよい。

.bashrc に設定を書き加えた後に、再ログインし直すと反映されるようになる。