Homebrew

Homebrew は Mac のパッケージ管理ソフトウェアの一つであり、使い方は簡単で、比較的によく使われている。

Homebrew のインストール方法

Homebrew をインストールするには、端末(ターミナル)ウィンドウを立ち上げて、以下の 1 行を実行すればよい。

ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

インストールしておくと便利なパッケージ

Homebrew を利用して、以下のパッケージなどをインストールしておくと、後々が便利。

brew install wget
brew install gfortran
brew install xlf
brew install autoconf
brew install automake
brew install libevent
brew install vim

以下のプログラムはバイオインフォマティクスの分野でよく使われている。必要に応じてインストールしておくと便利。ただし、最初に一度だけ brew tap homebrew/science を実行する必要がある。

brew tap homebrew/science

brew install blast
brew install blat
brew install clustal-omega
brew install bedtools 
brew install samtools
brew install bamtools
brew install vcftools
brew install bowtie
brew install bowtie2
brew install tophat
brew install bwa
brew install cufflinks
brew install velvet
brew install abyss
brew install emboss