MEDELLER

MEDELLER(サイト)は膜タンパク質に特化したホモロジーモデリングプログラムである。内部的に iMembrane と MODELLER を組合せて、膜タンパク質の構造を予測する。

使い方としては、MEDELLER のサイトにアクセスし、予め作成したアラインメントを貼り付ければよい。

アラインメントにおいて、予測ターゲットの名前を target、テンプレートの名前を template とする必要がある。例えば、予測ターゲットとテンプレート(1GZM の A 鎖)を以下のようにアラインメントできたとする。これを MEDELLER の入力フォーム(Input Target-Template Alignment)に貼り付ける。

>target
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNY
ILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRF
GENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFC
YGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAK
TSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA
>template
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNY
ILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRF
GENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFC
YGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAK
TSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNDD--------------------

次に、テンプレートの PDB コードをフォーム(Input Template Structure)に入力する。

MEDELLERの使い方

最後に、「Submit Query」ボタンをクリックすれば MEDELLER による予測が開始される。

予測が完了すると、結果ページに遷移される。予測結果として、赤色が膜貫通領域を表し、青が膜と関わりを持たない領域である。

MEDELLERの使い方

References

  • Kelm S, Shi J, Deane CM. MEDELLER: homology-based coordinate generation for membrane proteins. Bioinformatics. 2010, 26(22):2833-40. PubMed Abstract
  • Kelm S, Shi J, Deane CM. iMembrane: homology-based membrane-insertion of proteins. Bioinformatics. 2009, . PubMed Abstract