MODELLER

MODELLER はタンパク質のホモロジーモデリングの際によく利用されているプログラムである。 MODELELR を利用したモデリングは、最低限、テンプレートとなる立体構造既知のタンパク質を必要とする。 MODELLER を用いたモデリングはおおよそ以下の手順で行う。

  1. テンプレートの検索
    予測配列と似ている構造既知のタンパク質を調べてそれをテンプレートとして用いる。テンプレートの検索は PSI-BLAST のほかに MUSTER や CPHmodels などのプログラムも利用できる。
  2. 二次構造予測
    予測配列に対して二次構造予測を行う。α-ヘリックス、β-ストランドや disorder 領域などを予め予測し、MODELLER を実行するとき制限条件として付け加えることができる。
  3. MODELLER の実行
    予測配列とテンプレート配列のアラインメントと MODELLER 実行用のスクリプトを用意した後に MODELLER を実行する。
  4. モデルの評価
    予測された立体構造がタンパク質として正しいかどうかを評価する。

このページでは主に手順 2 の MODELLER を実行する際のパラメータチューニングなどについて説明している。テンプレートの検索やモデルの評価などについて構造予測のページの各項目を参照するとよい。

References

  • Eswar N, Webb B, Marti-Renom MA, Madhusudhan MS, Eramian D, Shen MY, Pieper U, Sali A. Comparative protein structure modeling using MODELLER. Curr Protoc Protein Sci. 2007, Chapter 2: Unit 2.9. PubMed Abstract
  • Martí-Renom MA, Stuart AC, Fiser A, Sánchez R, Melo F, Sali A. Comparative protein structure modeling of genes and genomes. Annu Rev Biophys Biomol Struct. 2000, 29:291-325. PubMed Abstract
  • Sali A, Blundell TL. Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J Mol Biol. 1993, 234(3):779-815. PubMed Abstract
  • Fiser A, Do RK, Sali A. Modeling of loops in protein structures. Protein Sci. 2000, 9(9):1753-72. PubMed Abstract