スクリプトファイル

MODELLER にはホモロジーモデリングを行う上で、多くのパラメータが用意されている。これらのオプションは Python スクリプトで追加する必要がある。以下のスクリプトひな形とし、様々なモデリングパラメータを書き加える。

from modeller import *
from modeller.automodel import *

log.verbose()
env = environ()

env.io.atom_files_directory = ['.', './my_pdb']

a = automodel(env,
              alnfile  = 'alignment.ali',
              knowns   = '5fd1',
              sequence = '1fdx')
a.starting_model= 1
a.ending_model  = 1

a.make()