SWISS-MODEL

SWISS-MODEL はホモロジーモデリングを行うプログラムの一つで、ウェブベースで利用できる。

SWISS-MODEL を利用する際に、予測対象の配列のほかに、テンプレートとなる立体構造既知のタンパク質の PDB ファイルを必要とする。

SWISS-MODEL でホモロジーモデリングを行うには、次のようにして、SWISS-MODEL のページで「Automated Mode」を選択する。

SWISS-MODELのAutomated Mode

Automated Mode のページで、予測したいタンパク質のアミノ酸コードを入力する。また、ページの下部にテンプレートとなるタンパク質の PDB ID を記入するか、または PDB ファイルをアップロードする。

E-mailを入力することで、予測が終了した時にメールで知らせてくれる。

SWISS-MODELホモロジーモデリングの設定画面

「Submit Modeling Request」ボタンをクリックすると、予測が開始され、次のような待機画面が表示される。

SWISS-MODELホモロジーモデリングの待機画面

予測が終了すると、結果が表示される。

予測されたモデル構造図の下に「download model: as [pdb] - as ...」の一文がある。その [pdb] をクリックすると、予測構造の PDB ファイルをダウンロードすることができる。

SWISS-MODELホモロジーモデリングの予測結果

また、ページの下部には QMEAN4 によるモデル評価結果が表示される。

SWISS-MODELホモロジーモデリングの予測結果、QMEAN4による評価