GOFunction

GOFunction は GO term のグラフを描画するパッケージです。

入力データは数字からなる Entrez gene ID です。

library(GOFunction)

# サンプルデータをロード
data(exampledata)

# サンプルデータを確認
head(refGenes)        # 解析する全遺伝子
## [1]  1  2  9 10 12 13
head(interestGenes)   # 全遺伝子のうちマークアップする遺伝子
## [1]  2 12 14 16 18 19

# グラフを描画
sigTerm <- GOFunction(
             interestGenes,             # 全ての遺伝子
             refGenes,                  # マークアップする遺伝子
             organism = "org.Hs.eg.db", # ヒトのアノテーションデータ
             ontology = "BP",           # BP、CC、MF
             fdrmethod = "BY",          # 多重検定法(BH、BYまたはbonferroni)
             fdrth = 0.05,              # 検定の閾値
             ppth = 0.05,               # 
             pcth = 0.05,               # 
             poth = 0.05,               # 
             peth = 0.05,               # 
             bmpSize = 2000,            # グラフを保存するときの画像の幅
             filename = "sigTerm"       # 画像の名前
           )

GOFunction の実行が終了すると、解析結果はディレクトリに sigTerm.bmp と sigTerm.csv ができます。

GOFunctionで描いたグラフ