KEGG パスウェイ解析
KEGG は Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes のことで、代謝経路を中心とした酵素反応やシグナル伝達などを、遺伝子や化合物に関連付けたデータを提供しているデータベースである。
GO 解析と同様に KEGG パスウェイに対しても enrichment analysis が行える。例えば、あるは 2 群間比較の遺伝子発現量データを検定し、遺伝子を発現変動遺伝子とそうでない非発現変動遺伝子を決定し、発現変動遺伝子にはどのようなパスウェイを持つ遺伝子が多いのかを調べるというものである。発現変動遺伝子が特定のパスウェイに集中していれば、おそらく何らかの生物的な意味を持つはずである。
パスウェイデータベースは代謝経路やシグナル伝達系に限らず転写制御のパスウェイを登録しているデータベースもある。
| KEGG | 代謝経路、シグナル伝達系 |
| BioCyc | 代謝経路 |
| Reactome | シグナル伝達系 |
| WikiPathways | シグナル伝達系 |
| TRANSPATH | 転写制御、シグナル伝達系 |
| IPA | 代謝経路、シグナル伝達系、転写制御 |
| PathwayStudio | シグナル伝達系、転写制御 |
R / Bioconductor
KEGG パスウェイ解析に利用できる R / Bioconductor のパッケージ。