BioPerl

Perl はテキスト処理等を得意とするプログラミング言語であり、GenBank ファイルや BLAST の検索結果からデータを取得したりする際によく利用される。このような機能をゼロからプログラミングすることも可能であるが、正確性や速度を求めるなら BioPerl を利用したい。

BioPerl インストール

個人 PC にインストール(root 権限あり)

個人 PC の場合、root 権限で BioPerl をインストールすると便利である。以下のように、BioPerl のソースコードをダウンロードし、ビルドを行い、最後に root 権限(sudo)でインストールする。途中でいくつか質問が聞かれるが、Enter キーを押してインストールを続ける。

# 2014/1 現在 (ダウンロードできない場合は http://bioperl.org/ で探してみてください。)
wget http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz

# 解凍
tar xzvf BioPerl-1.6.1.tar.gz

# 解凍したディレクトリに移動
cd BioPerl-1.6.1

# ビルド
perl Build.PL

# インストール
sudo ./Build install

サーバーにインストールする場合(root 権限なし)

共有サーバーなどに BioPerl を導入する場合、ほとんどの場合 root 権限ない。そのため、個人のディレクトリに BioPerl をインストールして使用する。以下の例は、ユーザーディレクトリに bioperl ディレクトリを作成し、そこに BioPerl をインストールする。最後に、Perl から読み込めるように環境変数を設定する。

# インストールディレクトリを作成(/home/username/bioperl にインストールする場合)
mkdir ~/bioperl

# ソースファイルのダウンロード、ビルドとインストール
cd ~/Download
wget http://bioperl.org/DIST/BioPerl-1.6.1.tar.gz
tar xzvf BioPerl-1.6.1.tar.gz
cd BioPerl-1.6.1
perl Build.PL --install_base /home/username/bioperl
./Build install

# 環境変数を設定する
export PERL5LIB=/home/username/bioperl

上述のように環境変数を設定すると、サーバーにログインする度に export を実行する必要がある。この 1 文を ~/.bashrc に追加すると、次回以降のログイン時に export する必要がなくなる。