膜タンパク質

タンパク質はその特徴に応じて様々な分類方法で分類することができる。タンパク質と生体膜との関係を見たとき、生体膜に付着しているタンパク質をとくに膜タンパク質という。膜タンパク質は、生体膜を完全に貫いている transmembrane protein や貫通していない peripheral membrane protein などがある。

  • integral membrane protein (内在性膜タンパク質)
    膜領域に常に付着しているか、貫通しているようなタンパク質
    • polytopic (transmembrane)
      膜領域を完全に貫いているタンパク質
      • alpha helical transmembrane
        α-ヘリックスが膜領域を貫通しているようなタンパク質
        monotopic membrane protein monotopic membrane protein
      • beta barrel transmembrane
        β-バレルが膜領域を貫通しているようなタンパク質
        monotopic membrane protein monotopic membrane protein
    • monotopic
      膜領域に入り込んでいるが、反対側に貫通していないようなタンパク質
      monotopic membrane protein monotopic membrane protein monotopic membrane protein
  • peripheral membrane (表在性膜タンパク質)
    一時的に膜領域に付着あるいは入り込んでいるようなタンパク質

膜タンパク質を登録しているデータベース化は PDB を始めとして、OPM、mpstruct など多数知られている。しかし、これらのデータベース同士では、必ずしも同じ定義あるいは方法で膜タンパク質を分類しているわけではない。(膜タンパク質のデータベース

References

  • The figures of protein structure were download from OPM database.