PyMOL のインストール

PyMOL のソースコードはオープンソースとして公開されているため、自由にダウンロードしインストールすることができる。

Linux

Linux の場合はソースコードからインストールすることも可能だが、apt-get を利用してもインストールできる。

Linux / apt-get

ターミナルを起動して、以下のコマンドを実行するとインストールされる。エラーが出る場合、エラーをよくみて、足りないライブラリーをインストールしてから再度インストールする。

sudo apt-get install pymol

Linux / ソースコード

ソースコードからインストールする場合は、sourceforge からソースコードをダウンロードして、展開する。次に、Python のモジュールと同様にインストールを行う。

# ダウンロードした pymol-v1.7.1.3.tar.bz2 を解凍
bzip2 -dc pymol-v1.7.1.3.tar.bz2 | tar xvf -

# 解凍したディレクトリに移動
cd pymol-v1.7.1.3

# Python を利用してインストールする
python setup.py build
sudo python setup.py install

Macintosh

Macintosh の場合はソースコードからインストールすることも可能だが、brew を利用してもインストールできる。

Macintosh / brew

ターミナルを起動して、以下のコマンドを実行するとインストールされる。

brew install pymol

ただし、これでインストールした PyMOL のプラグインの一部が正常に動作しないようである。解決策はブログ記事 Ag++ | PyMOL 1.7.2.1+APBS plugin works on Mac Yosemite using Homebrew を参照するとよい。

Macintosh / ソースコード

ソースコードからインストールする場合は、sourceforge からソースコードをダウンロードして、展開する。次に、Python のモジュールと同様にインストールを行う。

# ダウンロードした pymol-v1.7.1.3.tar.bz2 を解凍
bzip2 -dc pymol-v1.7.1.3.tar.bz2 | tar xvf -

# 解凍したディレクトリに移動
cd pymol-v1.7.1.3

# Python を利用してインストールする
python setup.py build
sudo python setup.py install

Windows

Windows の場合は予め Python をインストールしてから PyMOL をインストールする。

  1. https://www.python.org/downloads/ から Python 2.7.x をダウンロードしてインストールする。
  2. http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ から PyMOL のソースコードをダウンロードしてインストールする。