PEAR

PEAR はシーケンサーで得られたペアエンドリードの forward read と reverse read をつなげて一つの配列にマージするツールである。

Linux 用のコンパイル済みのプログラムが配布されているので、それを利用すると便利。また、Macintosh の場合はソースコードをダウンロードして、README を参考にしながらコンパイルすれば利用できる。

使い方に関しては、最低限ペアエンドリードとなるファイルと出力ファイル名を与えれば実行できる。

pear -f SRR01323_1.fq -r SRR01323_2.fq -o SRR01323_pear

アセンブル後の配列の長さがある程度決まっているならば、オプションで制限することができる。例えば、アセンブル後の配列が 200bp から310bp の間にあるということがわかっているらならば、以下のようにする。

pear -f SRR01323_1.fq -r SRR01323_2.fq -o SRR01323_pear -m 310 -n 200